框架木箱的防水方法主要是在側面、斷面的內面和頂蓋的下面襯以防水材料，如防水紙、塑料薄膜（厚度為0.05mm以上）、油氈和白鐵皮（鍍鋅薄鋼板），由上框木的上緣鋪到下框木的下緣。常見的塑料薄膜為0.05mm以上的；油氈要選用17kg（面積21平方的質量）以上；鍍鋅薄鋼板的厚度為0.258以上。

除了箱內襯以防水材料外，還要為排水和通風在底板上設置間隙或者開孔。相鄰底板之間所留間隙的尺寸為0.5-1cm，開孔要開4個以上，直徑為1.2cm，其位置要避開內裝物。

通風是框架木箱為了防潮而采取的措施。為了使空氣能在箱內、外流動，除了在底板留通風間隙或開通風孔外，還要在側面或端面的上框附近設置通風結構，通風結構的個數根據框架木箱的容積而定。